כמפורט בתביעה העיקרית, לטענת הקיבוץ התנהלות רמ"י נוגדת את כללי מינהל תקין, ובכללם כללי הסבירות ותום הלב, כמו גם החובה להימנע משרירות לב ומשקילת שיקולים זרים. טענת הקיבוץ היא כי רמ"י, כרשות מינהלית, כפופה ל"עקרון חוקיות המינהל", על פיו, על פי הנטען, על רמ"י לפעול במסגרת הסמכויות שהוקנו לה בחוק ומכוחו, ובמסגרת זו בלבד. נטען כי אין ביכולתה של רמ"י להצביע על מקור סמכות להימנעותה ממתן אישורים, בגין חובות כספיים, ובפרט חובות כספיים השנויים במחלוקת.
בקשת הצו הזמני
בתשובה לבקשה, טוענת רמ"י, כי לא מעט מן האישורים שרמ"י מסרבת לתת, לא היו ניתנים גם אילו נפרע החוב הכספי של הקיבוץ, משיקולים הנוגעים לעניינים הספציפיים. עוד נטען כי באחד העניינים – השכרת קרקע לגידולים עונתיים – החוב הכספי כלל איננו מבין נימוקי רמ"י להימנעות מטיפול בעניין. עוד טוענת רמ"י, כי השימושים החורגים בגינם נדרש עתה הקיבוץ לשלם כספים, אינם אלא הפרות חוזרות ונישנות של חוזה החכירה, תוך התעלמות מהחיובים הכספיים הנובעים מן ההפרות, מעשים המהווים עילה לביטול חוזה החכירה. לטענת רמ"י, פועלת היא כדין ובמסגרת חובותיה, כאשר היא מוודאת שהקיבוץ ישלם את חובותיו בגין שימוש במקרקעי ציבור, שלא למטרה למענה הוקצו, תוך פגיעה בצדק החלוקתי, על חשבון כלל הציבור.
עוד מבארת רמ"י כי מכוח בעלותה במקרקעין, זכאית היא להתנות בתנאים את הסכמתה לשינויים במקרקעין, ובהקשר זה היא מפנה לרע"א 15/87 מדינת ישראל נ' וייס (פורסם במאגרים; 26.12.90), כמו גם להחלטות הנהלת המינהל ומועצת מקרקעי ישראל, בדבר הימנעות ממתן שירותים ואישורים אלו ואחרים, לחוכר שהפר את תנאי החכירה ובגין חובות כספיים.
בתשובתה אף מתייחסת רמ"י לטענות המשפטיות הספציפיות נגד החוב הכספי שהיא מייחסת לקיבוץ. אשר לטענה בדבר הגדרת "מפעל", מציעה רמ"י פרשנות שונה מזו לו טוען הקיבוץ ומבהירה, כי מדובר בעמדה עקבית של רמ"י לאורך שנים, הנדרשת לאור תכליתו של ההיתר שניתן לקיבוץ לקיים "מפעל" בשטחיו.
אשר לטענת ההתיישנות טוענת רמ"י, כי מגבלת ההתיישנות היא אך טענת הגנה מפני תובענה כספית, ואיננה מאיינת את החוב הכספי. מכל מקום, לטענת רמ"י, מתקיימים במקרה דנן תנאי סעיף 9 לחוק ההתיישנות, התשי"ח-1958, הקובע כי כשמודה נתבע בקיום זכות תובע, מתחילה תקופת ההתיישנות ביום ההודאה. במקרה דנן, לגרסת רמ"י, הודה הקיבוץ בחובותיו במשך השנים, ואף בשנת 2013, תוך פירוט טענות חישוביות בלבד כנגד החוב. הודאות אלו, כך נטען, "מאפסות" את מניין שנות ההתיישנות.