לטענת העותרת, ההחלטה להטיל עליה עיצום כספי היא בלתי מידתית ובלתי סבירה בעליל. החלטה זו, כך העותרת, גרמה לה לנזקים רבים ועלולה להביא גם לקריסתה. אליבא דעותרת, היא עשתה כל אשר לאל ידה לעשות כדי לאתר ולהפעיל טכנולוגיות שונות לטיפול בתוצרי תהליך הייצור, וכבר בשנת 2006 החלה לחפש אחר טכנולוגיה שהיא בגדר best available technology economically achievable, להפחתת העומס האורגני מתמלחות הייצור. ברם, טענה, הגם שהיא המפעל היחידי בארץ המייצר שמרים, הרי מאחר שלעותרת מפעל קטן יחסית, לא היה בנמצא פתרון טכנולוגי ישים כלכלית לטיפול בתמלחות הייצור שנוצרות בתהליך ייצור השמרים. לטענתה, בשנת 2007 החלה העותרת בפיילוט כדי לבחון את תוצאותיו של הליך טיפול ייחודי, שהומצא על ידי חברה ישראלית בשם Bio Pure Technology – HMT (להלן – BTP), שצריכה היתה להקים במפעל העותרת מתקן ממברנלי לטיפול בשפכים, ומתקן לאידוי הרכז שהיה נותר. אליבא דעותרת, בהינתן תוצאות משביעות רצון, היא התקשרה עם BTP בהסכם להקמת המתקן לטיפול בשפכים ותפעולו בשטח מפעלה בעלות של 8 מיליון ₪. אולם, המשיכה, הטכנולוגיה התגלתה ככישלון, ו-BTP נכנסה להליכי פירוק וחיסול. למרות זאת בשנים 2011-2012 המשיכה העותרת לנסות ולהביא את המתקן לכדי פעולה תקינה. לטענתה, לכל אורך ניסיונותיה למצוא טכנולוגיה מתאימה, היא עבדה בשיתוף פעולה עם המשיב 2, עידכנה אותו, התייעצה עם הגורמים המקצועיים בו וקיבלה הכוונה והנחיות מצידו. אולם, נוכח האמור, טענה העותרת, לא היה ביכולתה לעמוד בדרישות המחמירות שנקבעו על ידי המשיב 2 בהיתרי ההזרמה שניתנו לה. לדברי העותרת, גם המשיב 2 אינו יודע כיצד לטפל בתמלחות ייצור שמקורם בתעשיית המזון, ונוסף על כך, בינואר 2012 (לאחר הטלת העיצום הכספי על העותרת), אף פרסם דו"ח לפיו לא ניתן לטפל בשפכי המפעלים בחצרותיהם, הן מבחינה טכנית והן מבחינה כלכלית.
כן טענה העותרת, כי התמלחות שנוצרות עקב הליך ייצור השמרים אינן מכילות רעלנים, מתכות או חומרים מסוכנים כלשהם, ולמעשה מדובר בשפכים אורגניים פריקים לחלוטין, שאין בהם לגרום לנזק ממשי לסביבה ימית.
לדברי העותרת, כתוצאה מהתנהלותם הבלתי סבירה בעליל של המשיבים ומהדרישות המחמירות והדרסטיות שהציבו בפני העותרת, החליטה בלית ברירה (באוגוסט 2014) להפסיק את ייצור השמרים אלא לייבא חלב שמרים ושמרים לחים דרך הים, אותם היא מספקת לשוק הסיטונאי. בנוסף, טענה, כי החל משנת 2015 היא תעבד ותארוז, באתר לוגיסטי חדש שיוסד לשם כך, כמות קטנה ביותר של חלב שמרים מיובא (המהווה כ-10% מכלל תוצרתה בעבר) לצורך מוצר ה"שמרית" המשווק בשוק הקמעונאי. לדבריה, היקפי ייצור אלה ייצרו כמות שפכים קטנה ביותר, אשר ההתמודדות עמה פשוטה יותר ואפשרית מבחינת יכולותיה הכלכלית של העותרת. לשיטת העותרת, העובדה שנאלצה להפסיק לייצר שמרים, יש בה כדי לפגוע במשק הישראלי כולו.
עוד טענה העותרת, כי החלטת המשיבים להטיל עליה עיצום כספי לוקה בשיהוי עמוק ויסודי, אשר גרם לה לנזקים משמעותיים. ראשית, טענה, השתהו המשיבים בין מתן ההודעה בדבר האפשרות להטיל עיצום כספי (אוקטובר 2011) לבין המועד בו יודעה העותרת כי בכוונת המשיב 2 להטיל עליה עיצום כספי (3.5.12). שנית, נטען, השתהו המשיבים עת המתינו שנתיים וחצי עד ליום בו העיצום הוטל (16.9.14), כאשר בזמן הרב שחלף, המשיכה העותרת בתכנון עסקיה כרגיל, מתוך הנחה מושכלת ומבוססת, כי המשיב 2 מבין שהיא נקלעה למצב בו אינה יכולה לעמוד בתנאי ההיתר, בלא עוול בכפה. בנוסף, טענה העותרת, העיצום הכספי הוטל דווקא לאחר שהפסיקה לייצר שמרים, ומשכך, אין בהטלתו כדי לממש את תכליתו – הרתעת מזהמים פוטנציאלים. בנוסף, טענה העותרת, משך הליך הטלת העיצום הכספי, מהווה הפרה בוטה של חובת המשיבים לפעול במהירות הראויה, המעוגנת, בין היתר, בסעיף 11 לחוק הפרשנות, התשמ"א-1981 (להלן – חוק הפרשנות). הפרה זו, טענה, גרמה לה לנזקים משמעותיים, שכן לא עלה על דעתה, כך העותרת, שהמשרד עומד על הטלת העיצום הכספי וכי הוא אינו מתכוון לבטלו נוכח הנסיבות המיוחדות שנוצרו. במהלך הדיון שנערך בפניי, הוסיפה העותרת כי, בממוצע, פער הזמן שבין הודעה בדבר כוונה להטיל עיצום לבין הטלתו הנו 6.6 חודשים.