פטור לנכסי מקרקעין שלא נוכו תשומות ברכישתם

א. מבוא
1. המערערת עוסקת בתחום הנדל"ן. בשנת 2006 היא רכשה את מרבית הזכויות בבניין המצוי ברחוב בן עטר בתל אביב. בבניין היו דירות מגורים ויחידות מסחריות אשר הושכרו לצדדים שלישיים. כעבור כשלוש שנים, בשנת 2009, מכרה המערערת את זכויותיה בנכס.
אין מחלוקת כי לעניין יישום חוק מס ערך מוסף, התשל"ו-1975 ("החוק") מכירת הנכס הייתה בבחינת "עסקה" החייבת לכאורה במס. אין גם מחלוקת כי בקשר למכירת היחידות המסחריות הנמצאות בבניין חלה חבות במס ערך מוסף. 
2. באשר לדירות המגורים, חִיֵּב המשיב את המערערת במס ערך מוסף לפי הוראות סעיף 5(ב) לחוק, וזאת בשל העובדה שהנכס נרכש מידי אנשים פרטיים (שאינם "עוסקים") ונמכר לאנשים פרטיים אחרים. גם על תחולתו לכאורה של סעיף 5(ב) לחוק לא קיימת מחלוקת אלא המערערת גורסת כי עסקת מכר דירות המגורים פטורה ממס בהתאם לסעיף 31(4) לחוק. 
פטור זה חל, לפי הטענה, מפני שהדירות היו מושכרות למגורים ועסקאות ההשכרה האמורות היו פטורות ממס, כך שבגין רכישתן של דירות המגורים המערערת לא הייתה זכאית לנכות מס תשומות. מכיוון שכך, אמורה מכירת הדירות להיות פטורה ממס. כאן חולק המשיב וטוען כי המערערת אכן הייתה זכאית לנכות מס תשומות בגין רכישת הדירות וזאת לנוכח תכניותיה לְפַנוׂת את הדיירים, להרוס את הבניין הקיים, ולבנות ולמכור בניין חדש תחתיו. 
זאת הסוגייה המונחת לפני, לאחר שהמשיב דחה את השגתה של המערערת. 
ב. הרקע העובדתי 
3. המערערת רשומה כ"עוסק" לעניין החוק ועיקר עיסוקה בתחום הנדל"ן בישראל. 
4. ביום 7.8.2006 רכשה המערערת 87.5% מהזכויות בנכס מקרקעין ברחוב בן עטר, בתל אביב ("הנכס") (לשם הקיצור המונח "נכס" ישמש בהמשך הן כדי לציין את הבניין בשלמותו והן לתיאור זכויותיה של המערערת בבניין, הכל לפי ההקשר). יתרת הזכויות (12.5%) בנכס נותרו בידי בני משפחת אמיר. בנכס היו אחת עשרה דירות מגורים ושבע "יחידות מסחריות". מתוך אחת עשרה דירות המגורים, שש היו מושכרות בשכירות חופשית ואילו חמש דירות הושכרו בשכירות מוגנת בהתאם לחוק הגנת הדייר [נוסח משולב], התשל"ב-1972. 
5. עבור הזכויות הנרכשות (87.5%) שילמה המערערת סך כולל של 656,250 דולר אמריקאי (אשר היה באותה עת שווה-ערך לסכום של כ-2,885,000 שקלים חדשים).
6. על פי עדותו של מר דורון פרנקו, מנהל המערערת, הנכס נרכש "במטרה לפנות את הדיירים המוגנים להרוס את המבנה ולבנות בניין חדש" (ראו הודעתו של מר פרנקו שנמסרה במשרדי מע"מ ביום 16.1.2013 ואשר צורפה כנספח א' לתצהיר מטעם המשיב). 
7. נמצא כי בקשר לנכס הנדון המערערת נטלה הלוואה מבנק איגוד לישראל. משכנתא על זכויות המערערת בנכס נרשמה לטובת בנק איגוד בחודש פברואר 2008. בעת מכירת הזכויות בשנת 2009 יתרת הלוואת המשכנתא עמדה על כ-2.2 מיליון ש"ח.
8. מטבלה אשר צורפה לחוזי הרכישה בשנת 2006 ניתן ללמוד כי בתקופה זו הבניין הניב דמי שכירות חודשיים של כ-14 אלף ש"ח, אשר מתוכם כ-62% התקבלו מהשכרת דירות המגורים. 
9. כפי שיפורט בסעיף 38 להלן, במהלך שנת 2008 המערערת העניקה בתמורה שתי אופציות לרכישת זכויותיה בנכס אולם אופציות אלו לא מומשו. 
10. ביום 29.6.2009, דהיינו כשלושים וחמישה חודשים לאחר הרכישה, מכרה המערערת את מלוא זכויותיה בנכס לקבוצת רוכשים פרטיים. על פי הסכם המכר, הזכויות נמכרו "כשהבניין פנוי מהשוכרים המוגנים, אותם המוכר [המערערת] מתחייב לפנות..." (ה"הואיל" השביעי למבוא ההסכם, נספח ב' לכתב הערעור). 
התמורה החוזית על פי הסכם המכר עמדה על סך של 12,687,500 ש"ח "מתוכם 2,500,000 ש"ח... לצורך פינוי דיירים מוגנים (לפי הערכה) כולל מע"מ כדין בשיעור של 15.5%...". 
11. בפועל המערערת הוציאה סך כולל של 4,322,000 ש"ח בקשר לפינוי דיירים מוגנים (ראו הודעת הצדדים מיום 4.3.2015).
12. נמצא אפוא כי המערערת שילמה בסך הכל כ-7.2 מיליון ש"ח עבור זכויותיה בנכס (לרבות הסכומים ששולמו בגין פינוי דיירים מוגנים) כאשר חלק מהכספים הדרושים לשם כך נתקבל מבנק איגוד כהלוואת משכנתא.